考慮土質對微堿性、有機質含量偏低，有效氮和磷缺乏的土壤，一般應選用酸性氮磷復合肥，如磷酸一銨或腐植酸類氮磷鉀復合肥、氮磷復合肥等為宜。
但對少數紅黏土或酸性棕壤土，應選用化學堿性復合肥，如磷酸二銨等。
考慮作物品種一般大田作物選用氮磷復合肥，小麥田或高產田應選用氮磷鉀三元復合肥；小麥、水稻、谷子等密植作物，適宜施用粉狀復合肥；稀植中耕作物如玉米等應選用顆粒狀復合肥，豆科作物宜選用磷鉀復合肥，經濟作物應選用與當地土壤、作物相適應的三元復合肥；根莖類作物（蓮藕、玉竹）、玉米、晚稻等宜選用含鉀量比較高的復合肥。
早稻、花生、芝麻、油菜、辣椒等作物，要選用含磷量較高的復合肥；葉菜類宜選用含氮量較高的復合肥；西瓜、草莓、柑橘、烤煙、茶葉及葡萄等忌氯作物應選用不含氯或含氯量低的復合肥。
與單質肥料混用復合肥的養分是固定的，要更好地發揮其增產作用，還應配合施用單質肥料，以調節不同生育期中作物對不同養分的需要。如水稻、玉米、小麥等作物，在生長期需氮較多，若選用氮少磷多的磷酸二銨時，就得先按磷計算用量，不足的氮素用單質氮肥補充。如果先以滿足作物氮素計算用量，那么磷素就會過多，造成肥料浪費。
考慮施用方法如作基肥，必須選用顆粒狀復合肥，而且顆粒的硬度越高越好，以利于延長肥效；對含有銨態氮的復合肥料，易被土壤吸附，不易淋失，適應于各種土壤和作物，但最好是深施，以利于提高利用率；對于硝態氮復合肥料，不被土壤吸附，易隨水淋失，故不宜施用于水田，而適用于旱地作物。
磷多氮少的氮、磷復合肥，可作底肥深施，用氮肥作追肥，以補充氮素不足。對價格較高的復合肥如磷酸二氫鉀，一般不作底肥，最好用作浸種或根外追肥。選用氮磷鉀三元復合肥作種肥時，要考慮氮的含量不要過高，否則容易引起燒種和燒苗。